Assessment of the Genetic Diversity of Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV) in Kuwait

تتسبب الأمراض الفيروسية بخسائر اقتصادية جمة للمحاصيل الزراعية في الكويت. ويعتبر التشخيص السليم ودراسة التنوع الجيني أساس للحد من الفيروسات .سيتم تجميع أوراق نبات الطماطم المصابة من شمال وجنوب المناطق الزراعية في الكويت، كما سيتم تعريف السلسلة الجينية الكاملة لفيروس تجعد أوراق الطماطم الصفراء TYLCV وتسجيلها في بنك الجينات العالمي إضافة إلى سابقيها من السلاسل الجينية المستخرجة من نتائج البحوث المنتهية FB053C و FB085C . يهدف مقترح هذا المشروع الدراسة التنوع الجيني لفيروس تجعد الطماطم الأصفر ودراسة واستكشاف تقنية وتحليل الطرق للكشف عن التنوع الجيني والحد من انتشار هذا الفيروس بالإضافة إلى تطوير طرق الكشف عن الفيروس واستخدام نتائج طرق التعريف الجيني في إمكانية إنتاج بذور مقاومة لهذا الفيروس. حيث سيتم مقارنتها بالسجلات الجينية التابعة للشبكة المركزية للعلوم والتكنولوجيا NCBI . وسوف يتضمن هذا المقترح تحليل جيني شامل للفيروس باستخدام المعلوماتية الحيوية bioinformatics( ( ودراسة التركيب الجيني، تطابق السلاسل الجينية، الشجرة الجينية والتجانس. نتائج هذا المشروع ستؤدي إلى معرفة طبيعة انتشار هذا الفيروس والسيطرة عليه ونشر كتيب عن أهم الطرق المستخدمة للقضاء والحد من هذه الفيروسات. يتضمن هذا المقترح خمسة مهام، المهمة الأولى: مرحلة الإعداد )شراء احتياجات المشروع( وتجميع عينات أوراق نبات الطماطم المصابة من شمال وجنوب المناطق الزراعية في الكويت، المهمة الثانية: عزل الحمض النووي من 120 عينة مصابة وتعريف السلسلة الجينية الكاملة ل 40 عينة منهم باستخدام طريقة ال RCA ، المهمة الثالثة: تسجيل السلاسل الجينية الكاملة ل فيروس TYLCV في بنك الجينات. المهمة الرابعة: تحليل جيني شامل للفيروس باستخدام المعلوماتية الحيوية )) bioinformatics . اعداد ونشر دليل ارشادي للمزارعين يتضمن طرق الحد من انتشار هذا الفيروس المهمة الخامسة: تقديم التقارير المرحلية والتقرير النهائي.

Viral diseases cause remarkable economic losses in many crops in Kuwait. Proper disease diagnosis and diversity study are essential for successful virus management. Infected tomato leaves will be collected from Kuwait north and south agricultural district areas, and full length genome will be registered in the GenBank in completion of tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) sequences that were revealed from the completed projects FB053C, TYLCV was sequenced and the amplicon showed that it was most closely related to a Jordanian isolate TYLCV-IL [JO:Ju:08] with 92% nucleotide homology. Moreover, FB085C revealed sixteen cloned sequences. These TYLCV sequences were determined to belong to three different TYLCV strains. This study is aimed at assessing the genetic population of the virus in order to understand the plant virus epidemiology and pathogenicity through studying the genomic diversity within virus populations, to control the spread of the virus and use this knowledge in developing improved virus detection methods, improved ability to produce virus-free planting material. Representative TYLCV sequences will be searched from National Center for Biotechnology Information (NCBI) and an advanced integrated management brochure to be prepared and published with the help of the genetic diversity results. Upon completion of this project, following deliverables are expected. Precise understanding of plant virus epidemiology to control the virus spread, an advanced integrated management brochure will be published. Five tasks will be included in this study, which are Mobilization, DNA extraction from 120 samples and full-length genome determination from 40 samples using RCA. GenBank submission. Comprehensive analysis of TYLCV using bioinformatics and preparation of advanced integrated management brochure and reporting.