A computational study of natural RNA secondary structure shapes including suboptimal structures

في مجال علم الأحياء، يعد حمض الريبونوكليك جزيءًا أساسيًا ومتعدد الاستخدامات يخدم غرض كونه معلوماتيًا ووظيفيًا. ترتبط الوظيفة المحددة للحمض النووي الريبي بالبنية الثلاثية التي يتم طي الشريط فيها. إن العلاقة المعقدة بين النمط الجيني والنمط الظاهري للحمض الريبي النووي، والتي يتم التعبير عنها من خلال خرائط النمط الوراثي والنمط الظاهري، بمثابة أساس عظيم في فهم الديناميكيات التطورية والوظائف الجزيئية. ولذلك فإن تحليل بنياتها المختلفة أمر حيوي لتقدم العلوم، وخاصة مجال الطب سيكون التركيز الأساسي لهذا المشروع البحثي هو استخدام الهياكل الثانوية للحمض النووي الريبي دون المستوى الأمثل والتعمق في العلاقة بين الهياكل التي تحدث بشكل طبيعي وتلك التي يتم إنشاؤها بشكل عشوائي. علاوة على ذلك، قد يكون الارتباط المظهري مختلفًا بالنسبة للكائنات بدائية النواة وحقيقية النواة. ولهذا السبب سنقوم أيضًا بدراسة بيانات هذين النوعين من الكائنات بشكل منفصل، بهدف تسليط الضوء على الأنماط التطورية وتأثير الانتقاء الطبيعي

In the field of Biology, RNA is an essential and versatile molecule that serves the purpose of being both informational as well as functional. The specific function of RNA is related to the tertiary structure that the strand is folded into. The intricate relationship between RNA's genotype and phenotype, expressed through genotype-phenotype maps, serves as a great foundation in understanding evolutionary dynamics and molecular functions. Therefore, analyzing their different structures is vital for the advancement science, especially the field of medicine. The primary focus of this research project will be to utilize suboptimal RNA secondary structures and delve deeper into the correlation between naturally occurring structures and those generated randomly. Furthermore, the phenotypic correlation may be different for prokaryotic and eukaryotic organisms. This, is why we will also study the data of both these types of organisms separately, aiming to shed light on evolutionary patterns and the influence of natural selection.