Evaluation and Adaptation of Molecular Method for Fast Detection of Vibrio in Seafood

العبء البكتيري لأنواع البكتيريا الضارة الموجودة في الأسماك واحتمال خطر الانتشار الأمراض التي تنتقل عن طريق الأطعمة هو سبب القلق عند صناع الأطعمة البحرية.و حيث ان طرق الكشف الكلاسيكية تهدر الوقت ومن الممكن أن تؤدي إلى هوية واحدة إجمالية في كثير من المرات. فان هذه الدراسة تتطرق إلى تبني وتقييم عمليات التضخيم الطولي (PCR) للتعرف على البكتيريا الضمية الموجودة في الأطعمة البحرية. فقد تم تجميع عينات الأسماك المحلية والمصدرة من الدول المجاورة من الأسواق المحلية لعزل البكتيريا واستخلاص الـ DNA من الأنسجة المختلفة و تم جمع عدد 238 عينة من الأطعمة البحرية و14 عينة ثلج من أسواق الأسماك بالكويت (شرق، مباركية، الفحاحيل) بمعدل 84، 73،81 عينة بالتتابع من كل سوق. وتمت تجربة 6 أزواج من المسبار (Primer) وأزواج المسبار التي تنتج عملية معرفة التسلسل الجيني المنظم ل 16S r DNA المأخوذ من 45 عينة عشوائية و هوية كل عينة تم تحديدها باستخدام ال BLAST. عينات البكتيريا الضميه الايجابية كانت23 عينة ( 44.44%). تسعة عينات 20% كانت ايجابية ل V. parahemolyticus و V. vulnificus و تم تأكيد V.cholera في أربع عينات. فتيل جين ال16S r DNA أنتج 625 قاعدة زوجية في عملية ال PCR متسقة مع فتيل حي SOD اللاحق. وهذا يشير إلى أهمية النظافة في التعامل مع الأطعمة البحرية واعتماد البكتيريا الضمية في التكاثر على درجة الحرارة للبيئة المحيطة.

"The bacterial load in fish and shellfish occurrence of pathogenic strains and possible risk of outbreaks of food-borne illnesses are a cause of concern for the seafood industry. Classical methods of detection take about a week’s time for the identification and many a times ending up in the gross identity. This study deals with the evaluation of adaption of polymerase chain reaction (PCR)-based method in the detection of seafood Vibrios.
Market samples consisting of fish and shellfish species, landed from Kuwaiti waters and imported from neighbouring countries were collected for the isolation of bacteria and extraction of DNA from the tissues. A total of 238 seafood samples and 14 storage ice samples from three fish markets in Kuwait (Sharq, Mubarkiya and Fahaheel) with 84, 73 and 81 samples, respectively from each market. Out of six sets of primers tested the primer set producing a 625 bp Vibrio-specific 16srDNA amplicon was consistent followed by the super oxide dismutase (SOD) gene producing an approximate 200 bp amplicon. Confirmation of vibrio positivity was carried out on 45 randomly selected samples through Applied Biosystems Microseq 16s rDNA sequencing of which 23 samples showed Vibrio or related genus specific positivity. The surface Vibrio load and the summer samplings was positively correlated with the presumptive Vibrio positivity (PVP) indicating importance of hygiene in seafood handling and temperature dependant proliferation of Vibrios."