Whole Genome Molecular Epidemiology of Acinetobacter Baumannii Colonizing the Gut of Patients in an Adult Intensive Care Unit (ICU) of A Kuwaiti Teach

"أسينتوباكتر بوماني هي جرثومة مكتسبة من المستشفيات وتسبب تفشي العدوى في وحدات العناية المركزة. فحص العزلات المتفشية تظهر يوجد
تعدد بالجينات، وأصل التعدد غير واضح. تسلسل الجيني الكامل للعزلات يعطي تمييزا أدق، ويمكن الحصول على نظرة ثاقبة في أصل التعدد الجيني.
في التفشيات العدوى، فحص العزلات من خ ال التسلسل الجيني الكامل يساعد عى فهم طريقة انتقالها في حين فشل أساليب الفحص الأخرى
للقيام بذلك. تنوع الجيني يمكن ان يكون من خ ال الطفرات والأحداث المؤتلف. وهناك آلية مشتركة لمقاومة كاربابينيم فالأسينتوباكتر بوماني عن
طريق الانح ال الأنزيمة بواسطة كاربابينيماسيس. نحن ندرس استوطان المستقيم عى المدى الطويل في مرضى وحدة العناية المركزة للكبار في
مستشفى مبارك الكبير بالكويت بالأسينتوباكتر بوماني وأصل تعدد جيناتها. من خ ال منحة من جامعة الكويت، قمنا بفحص في اليوم الاول، ومن
ثم في اليوم الثالث للدخول ومرتين في كل أسبوع إلى أن يتم الترخيص أو الوفاة ل 493 مريضا تم دخولهم في وحدة العناية المركزة في خ ال سنة
واحدة. جمعنا 32 مريضا مع استيطان المستقيم عى المدى الطويل بالأسينتوباكتر بوماني مما أسفر عن جمع 261 عزلة. تم فحص هذه العزلات
من خ ال تكرار رد فعل البلمرة المتسلسل، نابض المجال الكهربائي الهلامي وتعدد تسلسل لوكوس. وتم التحقيق في حساسية الحد الأدنى لتركيز
المظادات الحيويه لهذه العزلات وأنواع وآليات المقاومة الكاربابينيم، ومن خ ال منحة مؤسسة الکویت للتقدم العلمي، نخطط لتنفيذ التسلسل
الجيني الكامل لجمیع العزلات البالغ عددها 261 عزلة باستخدام منصة قراءة إلومینا القصیرة وعدد مناسب من العزلات المؤشریة باستخدام
منصة قراءة باكبيو الطويلة. سنقارن الجينات من العزلة الأولى إلى العزلات اللاحقة من كل مريض. وهذا سيمكننا من استخلاص استنتاجات بشأن
التغيرات التطورية. من خ ال هذه الدراسة، سوف نتعلم المزيد عن التركيب الجيني وآليات وأصل تعدد جينات الاسينتوباكتر بوماني في الكويت.
وهذا سيعطينا التعامل مع طريقة انتشارها ووسائل السيطرة عليها مما يؤدي إلى تحقيق وفورات في الرعاية الصحية والتكاليف الاجتماعية."

"Acinetobacter baumannii is a nosocomial pathogen causing outbreaks in ICUs. ICU infections are found to be polyclonal.
However, the origin of polyclonality is not clear. Whole genome sequencing (WGS) of isolates gives finer discrimination
and it is possible to gain insight into the origin of polyclonatity. In outbreaks, typing by WGS delineated transmission routes
while the other typing methods failed to do this. Genome diversity can occur by mutation and recombinational events.
A common mechanism of carbapenem resistance in A. baumannii is enzymatic degradation by carbapenemases. We are
studying the long-term rectal colonization of adult ICU patients at Mubarak Al-Kabeer Hospital, Kuwait with A. baumannii
and the origin of polyclonality. Through a grant from Kuwait University, we screened 493 patients admitted to the ICU
on day 1, then on 3rd day of admission and twice on every subsequent week until discharge or death during a one-year
period. We identified 32 patients with a long-term rectal colonization yielding a total of 261 A. baumannii isolates. These
isolates are being typed by Rep PCR, pulsed-field gel electrophoresis and multi-locus sequence typing. The MICs of drugs
against these isolates and types and mechanisms of carbapenem resistance are being investigated. Through a KFAS grant,
we plan to do WGS of all 261 isolates using the Illumina short read platform and an appropriate number of index isolates using the Pacbio long read platform. We will compare the genomes of the first isolate to those of subsequent isolates from
each patient. This will enable us to draw inferences regarding evolutionary changes. By this study, we will learn more about
genetic makeup and mechanisms of polyclonality of A. baumannii in Kuwait. This will give us a handle on its mode of
spread and the means to control it leading to savings in healthcare and social costs."